修道女マリアは、父親のガリレオから自分の部屋に隠してある手紙を燃やしてほしいという、一通の手紙を受け取る。
その手紙の差出人は全てケプラーという聞き慣れない名前であった。
太陽が地球の周りを周回すると信じられていた1598年、数学者でイタリアの大学教授でもあるガリレオは、
ドイツの数学者ケプラーから「宇宙の神秘」という一冊の本とともに宇宙への研究を提案される。
ガリレオは一度は断ったものの、粘り強いケプラーの説得により、彼の仮説が間違っていることを証明するための研究を行う。
そうした中、言及することさえもタブー視されていた「地動説」の論拠を示せば、
とんでもないこの仮説が正しいかも知れないという結論を下すことになる。
